导演：山本泰一郎 

主演：高山南 山崎和佳奈 神谷明 山口胜平 林原惠美 松井菜樱子 岩居由希子 高木涉 大谷育江 绪方贤一 茶风林 井上和彦 汤屋敦子 堀内贤雄 中田让治 神奈延年 黑田崇矢 大本真基子 仓田雅世 稻叶实 广田行生 冈和男 片冈富枝 田中一成 早水理沙 穗积隆信 

浮现在太平洋上的美丽岛屿：“神海岛”。岛上世代相传着“海底沉睡着古代遗迹“海底宫殿”、300年前存在的2个女海盗“Anne·Bonny”、“Mary·Read”在那里留有宝藏”的传说……　　来神海岛渡假的柯南一行人与聚集在此地寻宝的“宝藏猎人”（海盗猎人：在现代，奔走在世界各地、寻找昔日海盗埋藏宝藏的人们通常被称为“宝藏猎人”。）们偶遇，在这里，随处可见不轨举动的宝藏猎的人们，不过随后在探索海底宫殿时，1名宝藏猎人被鲨鱼群袭击后死亡。由于事出蹊跷，柯南便同灰原等人展开调查。柯南运用推理将宝藏猎人被杀事件和宝藏传说逐一解开。最大的谜团，隐藏在“海盗旗”（海盗旗：它作为18世纪的船员最不愿看到的东西，画着骷髅、代表着海盗的旗帜。）中的秘密究竟是什么？这回，高潮的舞台，被转移至海底宫殿。